Если противоположные вершины додекаэдра соединить диаметрами, то боковые цепи аминокислот, расположенные в этих вершинах, образуют комплементарные пары. Этот тип антисимметрии можно назвать антисимметрией комплементарности. Образующиеся пары боковых цепей связаны между собой тремя преобразованиями – a, b и g. Они имеют максимально противоположные размеры и свойства, причем если сопоставлять пары, начинающиеся с правой стороны и с левой стороны, то эти свойства как бы компенсируются.

 Антисимметрия комплементарности, как и поворотная антисимметрия, включает 10 пар аминокислот.

Две пары аминокислот расположены в плоскости I. Диаметр додекаэдра, идущий в вертикально в плоскости I, связывает комплементарную пару: глицин (Gly - кружок белого цвета)), и пролин (Pro  - кружок черного цвета),. Они приведены в первом столбце справа, Их свойства противоположны – глицин не имеет боковой цепи и не влияет на рост альфа-спирали, тогда как пролин,  образующий пятичленный цикл, встроенный в основную цепь белка, прерывает ее развитие.

Диаметр, проходящий перпендикулярно предыдущему в плоскости I, связывает в пары боковые цепи аланина (Ala – кружок светло-серого цвета) и лейцина (Leu – кружок темно-серого цвета). Они показаны в третьем столбце слева. Их свойства также противоположны: аланин имеет самую короткую неполярную боковую цепь, а лейцин – самую длинную.

Ниже с правой стороны диаметр додекаэдра связывает пару боковых цепей, в которую входят  серин (Ser – светло-зеленый кружок) и  триптофан (Trp – кружок малинового цвета). Боковая цепь серина – более легкая слабо-полярная цепь, а гетероцикл триптофана – самая тяжелая боковая цепь. Они показаны в третьем столбце справа.

На том же уровне с левой стороны диаметр додекаэдра связывает треонин (Thr - темно-зеленый кружок) и гистидин (His – светло-коричневый кружок). Более тяжемая. По сравнению с серином, боковая цепь треонина противостоит более легкой, по сравнению с триптофаном, боковой цепи гистидина. Эта комплементарная пара показана в первом столбце слева.

 Боковая цепь цистеина (Cys – кружок светло-голубого цвета), связана с диаметром додекаэдра,  соединяющим эту вершину с тирозином (Tyr – кружок темно-розового цвета). Эти боковые цепи образуют комплементарную пару, причем свойства их противоположны: более легкая серусодержащая боковая цепь цистеина противостоит боковой цепи тирозина с шестичленным циклом и гидроксильной группой. Эта пара показана во втором столбце справа.

Более тяжелая, чем цистеин, боковая цепь метионина (Met – кружок синего цвета) соединена диаметром додекаэдра с фенилаланином (Phe – кружок розового цвета). В этой комплементарной паре более тяжелая серосодержащая боковая цепь метионина противостоит боковой цепи фенилаланина, более легкой, чем тирозин, содержащей только шестичленный цикл. Эта пара показана во втором столбце слева.

Боковая цепь аспарагиновой кислоты (Asp – кружок желтого цвета) связана диаметром  с лизином (кружок сиреневого цвета). Свойства этой комплементарной пары: более легкая боковая цепь аспарагиновой кислоты, обладающая кислотными свойствами, противостоит самой длинной боковой цепи лизина, обладающегей щелочными свойствами.  Эта пара показана в третьем столбце справа.

Более тяжелая, чем аспарагиновая, боковая цепь глютаминовой кислоты (Glu - кружок темно-охристого цвета) соединена диаметром с более коротким чем лизин, но также  обладающим щелочными свойствами аргинином (кружок светло-сиреневого цвета). Эта пара расположена в первом столбце слева.

Аспарагин, имеющий короткую боковую цепь, является нейтральной боковой цепью, образующей водородные связи (Asn – кружок красно-розового цвета). Он связан диаметром додекаэдра с неполярной боковой цепью изолейцина (Ile – кружок светло-охристого цвета). Эта пара приведена во втором столбце справа.

Глютамин, более тяжелый, чем аспарагин, также является нейтральной боковой цепью, образующей водородные связи (Gln – кружок темно-красного цвета)  связан диаметром с более легкой, чем изолейцин, неполярной боковой цепью валина (Val – кружок светло-желтого цвета).  Эта комплементарная пара показана во втором столбце слева.

Таким образом, пары боковых цепей аминокислот, расположенные в противоположных вершинах додекаэдра, связанных диаметром, обладают комплементарными свойствами. причем в парах, показанных справа и слева от пояснительного текста, свойства боковых цепей взаимно компенсируются: Более легкие цепи справа противостоят более тяжелым  слева, а аналогичные по свойствам более тяжелые цепи слева – более легким справа.